Hva jobber vi med i SMG?

SMG skal videre sikre god koordinering og kostnadseffektivitet av genomisk diagnostikk på tvers av KLMs avdelinger.

SMG skal ha et nært samarbeid med øvrige klinikker i OUS for å sikre involvering og tilgang til nødvendig kompetanse.

Noen eksempler på SMG-prosjekter 

Sjeldne arvelige sykdommer 

Prosjekt for å evaluere long read sekvensering som diagnostisk metode ved sjeldne arvelige sykdommer 

Dagens diagnostikk for arvelige sykdommer er i det alt vesentlige basert på såkalt short read sekvenseringsteknologi. Denne teknologien har begrensninger ved at den ikke fanger opp alle typer genetisk variasjon. I dette prosjektet vil vi evaluere om og i hvilken grad nyere sekvenseringsteknologier som baserer seg på det vi kaller long read sekvensering vil forbedre diagnostikken for denne pasientgruppen gjennom å påvise genetiske varianter som vi med dagens metoder ikke fanger opp. 

Prosjekt for å evaluere mRNA-sekvensering som diagnostisk metode ved sjeldne arvelige sykdommer 

Nesten all diagnostikk for arvelige sykdommer er i dag basert på sekvensering av DNA. Man kan også sekvensere mRNA som fungerer som en kopi av et gen som inneholder instruksjoner for å lage et protein. Dette er vist å kunne være nyttig i noen tilfeller for å påvise effekter av visse forandringer i DNA. For eksempel vil noen varianter kunne påvirke hvordan et gen spleises, men dette kan være vanskelig og tolke ut ifra DNA-data alene. Ved å sekvensere mRNA kan man direkte påvise om en genetisk variant påvirker spleising eller ikke. Dette kan gjøre at vi blir i stand til å vise om en genetisk variant fører til sykdom eller ikke. På denne måten kan vi øke antall pasienter med genetisk sykdom som får en diagnose. Hensikten med dette prosjektet er å evaluere om og i hvilken grad innføring av mRNA-sekvensering vil føre til bedre diagnostikk for pasientgruppen. 

Farmakogenetikk 

Evaluering av helgenomsekvensering som metodeprinsipp for farmakogenetikk 

Arvelige sykdommer diagnostiseres hovedsakelig ved short-read sekvenseringsteknologi der undersøkelse av hele genomet (DNAet) i økende grad benyttes. Dataene som fremskaffes ved slik helgenomsekvensering, inkluderer også farmakogenetisk informasjon, altså genetisk informasjon som kan forutsi i hvilken grad visse legemidler fører til effekt eller bivirkninger hos den enkelte person. Hensikten med prosjektet er å kvalitetssikre bioinformatiske verktøy som brukes til å identifisere farmakogenetisk informasjon fra helgenomdata. Dersom kvaliteten oppfyller kravene, kan farmakogenetikk innføres som sekundær diagnostikk hos personer som utredes for arvelige sykdommer. 

Evaluering av long-read sekvensering som metodeprinsipp for å avklare strukturell variasjon i genet CYP2D6 

CYP2D6 er et enzym som har stor betydning for metabolismen av ulike legemidler. Det er betydelig genetisk variasjon mellom personer når det gjelder hvor aktivt dette enzymet er, og CYP2D6 er dermed svært aktuelt å genotype som en indikator på effekt eller bivirkninger. En utfordring er likevel at genet som koder for CYP2D6, er teknisk krevende å undersøke. Dette skyldes at komplekse strukturelle variasjoner i CYP2D6 finnes hos enkelte personer og det er også nærliggende gener med svært like sekvenser som kan forveksles med CYP2D6. I visse tilfeller strekker ikke dagens rutinemetoder til for å avklare hvilken CYP2D6-genotype som foreligger. Long-read sekvensering er en kraftigere teknikk som har potensiale til å avklare genotyper ved slike tvilstilfeller. Hensikten med prosjektet er å undersøke den tekniske gjennomførbarheten og kvaliteten ved long-read sekvensering av CYP2D6 i situasjoner hvor vanlig genotyping gir usikre resultater. 

Infeksjonssykdommer 

Mikrobiologisk metagenomisk diagnostikk ved Oslo universitetssykehus 

Ved Oslo universitetssykehus tilbyr vi mikrobiologisk metagenomisk diagnostikk som det første, og foreløpig eneste, sykehuset i Norge. Denne diagnostikken brukes i dag på spinalvæskeprøver. Metoden gjør det mulig å analysere alt genetisk materiale i prøven for å identifisere bakterier, virus, parasitter og sopp, uten at man på forhånd må vite hva man leter etter. 

Dette er særlig nyttig ved utredning av komplekse og alvorlige infeksjoner som meningitt og encefalitt, i tilfeller der tradisjonelle metoder ikke gir svar. Ved rask identifisering av både kjente, uventede og nye mikroorganismer kan vi gi mer presis og målrettet behandling til pasientene. 

Vi planlegger å utvide bruken av mikrobiologisk metagenomisk diagnostikk til flere typer prøvemateriale. Dette vil gjøre det mulig å benytte metoden på flere pasientgrupper og kliniske problemstillinger. Med bedre evne til å identifisere sykdomsfremkallende mikroorganismer kan vi sikre at pasientene får riktig behandling så tidlig som mulig og unngår unødvendig utredning og behandling. Dette sparer tid, reduserer unødvendig antibiotikabruk og kan bidra til kortere oppholdstid på sykehus. Samme metode kan også brukes i beredskapssammenheng ved tidlig å oppdage nye eller ukjente mikrobiologiske agens med mulig pandemipotensial.  

Bioinformatikk 

Høyteknologiske laboratorieinstrumenter genererer store datamengder som trenger avansert analyse. Dette krever igjen en IT-infrastruktur som går utover det sykehus vanligvis har tilgjengelig. 

SMG faggruppeleder for bioinformatikk er dypt involvert i arbeidet med å frambringe en egnet IT infrastruktur og plattform for genomikkdata, både gjennom lokale initativ i OUS, og også nasjonalt i arbeidet med Nasjonalt genomsenter. 

Nasjonalt genomsenter er en tjenesteplattform for effektiv lagring, behandling, analyse og deling av genomiske data for helsevesen, kvalitetssikring og forskning. En slik tjenesteplattform kan understøtte behov for en kontinuerlig utvikling, som drives fram av fagpersonell i samarbeid med leverandører, IT-leverandører, forskere og andre kompetansemiljøer. 

Et første steg mot en nasjonal plattform er å utvikle en struktur for samarbeid og en utviklingsplattform som legger til rette for at fagmiljøene innen bioinformatikk og IT fra forskjellige sykehus kan jobbe mer effektivt på felles utviklingsprosjekter. Deretter kan fagmiljøene som neste steg jobbe med å videreutvikle standardiserte fagtjenester, som sikrer høy og lik kvalitet på tjenestetilbudet for pasienter i Norge. 

Forskning 

Pasienter som får prøver og data analysert gjennom Senter for medisinsk genomikk kan samtykke til at opplysningene og prøvene også kan benyttes til forskning. Dette er viktig for å hjelpe andre med samme sykdom, samt for å utvikle og måle effekt av ny behandling.