Avdelingens oppgave er å stille raske og korrekte infeksjonsdiagnoser, måle effekten av antiinfektiva, veilede ved bl.a. sykehusinfeksjoner og kontrollere blodprodukters infeksjonssikkerhet basert på eget eller andre fagmiljøers forsknings- og utviklingsarbeid.
Avdelingens virksomhet på Rikshospitalet er akkreditert i henhold til NS-EN ISO 15189.
Avdelingens virksomhet på Ullevål er sertifisert i henhold til NS-EN ISO 9001:2008.
Avdelingen betjener foruten Oslo universitetssykehus også Diakonhjemmets sykehus, Lovisenberg Diakonale sykehus samt den øvrige helsetjenesten i Oslo.
Avdelingen har for øvrig regionsoppgaver for Helseregion SørØst (Hedmark og Oppland fylker i tillegg til Oslo).
Avdelingen utdanner medisinske mikrobiologer og gir praksisopplæring til bioingeniørstudenter og deltar i undervisningen av medisinske studenter ved at avdelingen er tett knyttet til Det medisinske fakultet, Universitetet i Oslo.
Avdelingen har en omfattende forsknings- og utviklingsaktivitet organisert i egne seksjoner.
Produksjon av dyrkningsmedier og reagenser til avdelingens diagnostiske seksjoner og til eksterne kunder foregår på Seksjon for kontroll- og produksjon.
Avdelingen ledes av Kjetil K. Melby.